В начале 1995 года на физкультурно-оздоровительной базе "Снежинка" была организована секция "Лыжные гонки". Известно, что город Арзамас всегда славился спортивными достижениями. А чтобы добиться отличных спортивных результатов, необходимо прививать любовь к спорту с детства, поэтому создание лыжной секции было правильно продуманным шагом. Занимался организацией Бажанов В. Так образовалась детско-юношеская спортивная школа №3, где работало одно отделение "Лыжные гонки".

     С юными лыжниками занимались тренеры Н.Д. Гарин (он же и был в дальнейшем директором лыжной базы "Снежинка"), А.Е. Крайнев, Н.Н. Рознов, Л.П. Грязнов, Т.Г. Сарана, С.В. Рознова.

     С 1995 года при стадионе "Знамя" к отделению "Лыжные гонки" примыкает отделение "Плавание" (бассейн "Темп"). Его возглавляют начинающие тренеры - супруги И.В., В.А. Рассохины.

     В городе бурно развивалась работа отделения "Велоспорт", в котором работал тренер Муравьев Виктор Николаевич. Его эстафету перенимают его же воспитанники, КМС, молодое поколение, тренеры С.Н. Титов, В.И. Захаров. Велосипедистов тепло принимает спортивный клуб "Знамя", возглавляемый В.А. Саксиным. В настоящее время секция "велоспорт" находится в здании бассейна "Темп".

    Заслуженный тренер по вольной борьбе Александр Александрович Шалагин и в прошлом его воспитанники Е.А. Рыжков, Н.Г. Дорожкин, В.В. Миронов, С.Ю. Серебряков работают и тренируют детей в спортивном клубе "Луч".

    С удовольствием занимаются дети у тренеров-легкоатлетов И.И. Красникова, В.А. Молчанова, В.В. Романова, А.Я. Антонова.

     Все названные отделения работают под руководством Комитета по физической культуре, спорту и туризму, возглавляемого Александром Александровичем Терентьевым.

    Администрация города и руководство спорткомитета сошлись во мнении, что открытие третьей детско-юношеской спортивной школы в городе просто необходимо, так как количество детей, желающих заниматься спортом, в Арзамасе растет.

    Так в 1998 году образовалась Детско-юношеская спортивная школа №3. Финансирование школы осуществлялось за счет средств Фонда социального страхования (руководитель - А.П. Кузнецов). С 2003 года Соцстрах отказался от финансирования спортивных школ по всей области и финансирование ДЮСШ №3 взяла на себя Администрация города Арзамаса.

    В период с 1998 по 2001 годы директором вновь образовавшейся спортивной школы был В.В. Степанцев.

    В 2001 году ДЮСШ №3 переживает трудные времена - меняются руководители и тренерский состав школы.

    В течение 2001 года до начала 2002 года "у руля" школы исполняющим обязанности директора трудится молодой специалист, выпускник филиала Московского авиационного института, Дмитрий Юрьевич Живов.

    С февраля 2002 года на должность директора ДЮСШ №3 приказом Администрации г. Арзамаса назначается бывшая спортсменка, легкоатлетка, воспитанница тренеров Владимира и Татьяны Журавлевых - Любовь Ивановна Перетокина. 

   С ноября 2010 года на должность директора назначена Комарова Ольга Александровна, ранее работавшая заместителем директора по УСР в ДЮСШ №3.

Учебно-тренировочный процесс в школе в свое время возглавляли:

• Тришина Лариса Геннадьевна;

• Жигарева Галина Сергеевна - ныне ветеран спорта, организатор Музея спортивной славы в г.Арзамасе;

• Денисова Наталья Владимировна;

• Сапунов Виктор Иванович - заслуженный тренер Азербайджана;

• Артеменко Юлия Владимировна - Мастер спорта международного класса по легкой атлетике, работает завучем до сегодняшнего времени.

В ноябре 2003 года администрация ДЮСШ №3 "переезжает" в административное здание по адресу: г. Арзамас, ул. 3-я Вокзальная, д. 1/1; в ее оперативное управление переходит спортивный зал, где учебно-тренировочные занятия проводят тренеры-преподаватели по вольной борьбе.

С 03 июля 2005 года МУДО ДЮСШ №3 переименовывается в Муниципальное образовательное учреждение дополнительного образования детей "Детско-юношеская спортивная школа № 3" (МОУ ДОД "ДЮСШ №3").

С 23 ноября 2016 года МОУ ДОД ДЮСШ №3 переименовывается в Муниципальное учреждение дополнительного образования "Детско-юношеская спортивная школа № 3" (МУДО "ДЮСШ №3").

С 01 января 2023 года МУДО "ДЮСШ №3" переименовывается в Муниципальное бюджетное учреждение дополнительного образования "Спортивная школа № 3" (МБУДО СШ №3).